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! .xmodmaprc の内容 を以下にします。これで入れ替わるのだす。
remove Lock      = Caps_Lock
remove Control   = Control_L
keysym Control_L = Caps_Lock
keysym Caps_Lock = Control_L
add Lock         = Caps_Lock
add Control      = Control_L

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! 今度は root になって /etc/Xaccel.ini に以下の行を追加します。
[KEYBOARD]
    Layout = "ja_JP.xkm";
    HotKeyVT = NO;
    HotKeyZoom = NO;
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! これは [KEYBOARD] の所に既に書いてある項目が有ると思いますがその場合は
! 上記記述になる様にしましょう。

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! .xsession に以下の行を追加します。
Xkeybord=$HOME/.xmodmaprc

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! Xmod Map
if [ -f $Xkeybord ]; then
        xmodmap $Xkeybord > /dev/null
fi

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! 前出のこちらも書いておく。
xmodmap ~/.Xmodmap